El Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) surge como institución en 1977, mediante una reforma a la ley de creación de la Clínica Nacional de Nutrición (Ley 4508 de 1969). La Ley 6088 crea el Inciensa como un organismo encargado de realizar programas nacionales de investigación y enseñanza en el campo de la salud y la nutrición.

En 2002 la Ley 8270 reforma nuevamente la Ley 4508, definiendo al Inciensa como un organismo responsable de la vigilancia epidemiológica basada en laboratorios, de las investigaciones prioritarias en salud pública y de los procesos de enseñanza en salud derivados de su quehacer diario. Esa misma ley le otorga la personería jurídica instrumental.

El Consejo Técnico Director es el máximo jerarca de la institución y la Dirección General es el máximo jerarca administrativo, representante legal y agota la vía administrativa.