Los antecedentes del Inciensa se remontan a 1963 con la creación del Centro Regional de Recuperación Nutricional en Tres Ríos, La Unión, Cartago, el cual, en 1969 y mediante la Ley 4508, se transforma en la Clínica Nacional de Nutrición, dedicada a la recuperación de los niños desnutridos del país. La Junta de Protección Social de La Unión tenía a cargo la administración de la clínica que era fiscalizada económica y técnicamente por la Dirección General de Asistencia Médico-Social del Ministerio de Salubridad Pública.
El doctor Uriel Badilla Fernández, reconocido especialista en el área de la nutrición infantil, quien era el director de la Clínica Nacional de Nutrición y sería el primer director del Inciensa, fue pieza clave en la concepción y consecución de los recursos para el desarrollo de las instalaciones actuales del Inciensa.
En 1973 se inicia la construcción de las nuevas instalaciones de la Clínica Nacional de Nutrición. El doctor German Weinstock, ministro de Salud durante la administración de Daniel Oduber (1974-1978) las inaugura en 1977, ya como el Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud-Inciensa, una entidad adscrita al Ministerio de Salud con la función de realizar programas nacionales de investigación y enseñanza en el campo de la salud y la nutrición. La atención intrahospitalaria de la desnutrición se mantiene en el Inciensa, dado que en esa década todavía constituía un problema importante de salud pública. En el año 1996 el internamiento fue sustituido por un programa interdisciplinario de atención ambulatoria, debido a la disminución de la prevalencia y severidad de la desnutrición en el país.
A partir de la creación del Inciensa en el año 1977 se constituyen diferentes grupos de investigación en las áreas de inmunología, bacteriología, genética y ciencias sociales, cuyos desarrollos sufren los embates de la disminución de los recursos financieros, debido a la crisis económica de la década de los ochenta y la eliminación de fuentes fijas de ingreso a la Institución, como lo era la proveniente del impuesto al licor. No obstante, lo anterior, la experiencia en investigación constituye la base que permite capitalizar situaciones coyunturales que posibilitan el desarrollo de las primeras estructuras de vigilancia epidemiológica especializada y basada en laboratorio en la Institución.
En 1985 se crea el primer Centro de Registro de Defectos Congénitos en el país, CREC, con sede en el Inciensa, el cual inicia el monitoreo de los principales defectos congénitos a nivel nacional. En el contexto de la epidemia de cólera a nivel centroamericano en 1991, con el objetivo de preparar la capacidad diagnóstica y coordinar las redes de laboratorios clínicos del país, se crea el Centro Nacional de Referencia para Cólera (a partir de 2003, CNR de Bacteriología). Asimismo, en 1993, ante otra amenaza planteada por la epidemia de dengue, las autoridades sanitarias designan al Laboratorio de Inmunología del Inciensa como Centro Nacional de Referencia de Dengue (a partir de 2004, CNR de Virología).
Los desarrollos anteriormente descritos ocurren en el contexto del proyecto de reforma del sector salud, ocurrido durante la administración de Calderón Fournier (1990-1994) y financiado con préstamos de bancos internacionales (Ley 7441 de 1994). Este proyecto de reforma apoya el desarrollo de infraestructura laboratorial y formación en epidemiología tendiente a consolidar al Inciensa como una institución nacional y un laboratorio para la vigilancia de la salud y el control de calidad.
En el año 1999 se inicia la primera construcción de una estructura tendiente a albergar al CNR de Tuberculosis, el actual CNR de Micobacteriología. Desde esa fecha al presente, el Inciensa ha logrado desarrollar diez unidades especializadas y CNR con tecnología de punta y personal altamente calificado.
La investigación ha sido siempre parte importante del quehacer institucional. Dado el surgimiento del Inciensa como un centro de atención a la desnutrición infantil, la nutrición y, particularmente, la nutrición asociada a las enfermedades crónicas han constituido temáticas centrales de investigación.
