Perfil profesional y de investigación

Estudié el grado y el posgrado académico en Microbiología y Química Clínica en la Universidad de Costa Rica (UCR). Actualmente me desempeño en la coordinación del Centro Nacional de Referencia de Inocuidad Microbiológica de Alimentos y en la coordinación del Laboratorio de Genómica y Biología Molecular del Inciensa.

He trabajado con técnicas microbiológicas convencionales y con técnicas moleculares en microbiología de alimentos desde mi ingreso a Inciensa. He utilizado las técnicas de biología molecular y genómicas para la vigilancia basada en laboratorio (detección, tipificación y subtipificación) de patógenos de transmisión alimentaria como Salmonella spp., Shigella/Escherichia coli (patógenas), Vibrio cholerae y Listeria monocytogenes, entre otros. También he realizado caracterizaciones genómicas de Neisseria meningitidis, Strepctococcus agalactiae, Klebsiella pneumonie, identificación de determinantes de resistencia a los antimicrobianos en bacterias entéricas, vigilancia genómica de SARS-CoV-2 y de otros patógenos de importancia en salud pública (hMPXV, Influenza, norovirus, entre otros).

Cuento con experiencia en Bioinformática para el estudio de brotes comunitarios y nosocomiales, en estudio de cadenas de transmisión y diversidad genética, y epidemiología molecular y genómica. He ejercido como punto focal en Costa Rica para redes de vigilancia genómica de la Organización Panamericana de la Salud (OPS) como son PulseNet LA&C, COVIGEN e INFOSAN. He brindado apoyo de laboratorio y capacitaciones a los países de Centro y Sur América en el seno de diferentes proyectos (Salud Global CDC, EEUU y se-COMISCA/SICA) y de las redes regionales de vigilancia genómica de OPS. Formé parte del Comité Ético Científico del Inciensa.

Publicaciones representativas

Pérez-Corrales C, Peralta-Barquero V, Duarte-Martínez F, Oropeza-Barrios G. 2024. A 6-year retrospective study of clinical features, microbiology, and genomics of Shiga toxin-producing Escherichia coli in children who presented to a tertiary referral hospital in Costa Rica. Microbiol Spectr 12:e03056-23. https://doi.org/10.1128/spectrum.03056-23

Gräf, T., Martínez, A.A., Bello, G. et al. 2024. Dispersion patterns of SARS-CoV-2 variants Gamma, Lambda and Mu in Latin America and the Caribbean. Nat Commun, 15, 1837. https://doi.org/10.1038/s41467-024-46143-9

Duarte-Martínez F, Cordero E, Calderón M, Godínez A, Ross B, Allard M, González-Escalona N. 2024. Closed genomes of four multidrug resistance Salmonella enterica serotype Infantis isolated in Costa Rica. Microbiol Resour Announc, 13:e00257-23. https://doi.org/10.1128/MRA.00257-23

Calderón-Osorno M, Cordero-Laurent E, Duarte-Martínez F. 2023. CoVEx: SARS-CoV-2 Mutation Explorer for genomic surveillance, Infection, Genetics and Evolution, 116, 105521, ISSN 1567-1348, https://doi.org/10.1016/j.meegid.2023.105521.

Giralt-Zúñiga M, Redondo-Solano M, Moura A, Tessaud-Rita N, Bracq-Dieye H, Vales G, Thouvenot P, Leclercq A, Chaves-Ulate C, Núñez-Montero K, Guillén-Watson R, Rivas-Solano O, Chanto-Chacón G, Duarte-Martínez F, Soto-Blanco V, Pizarro-Cerdá J, Lecuit M. Genome-Based 2023. Characterization of Listeria monocytogenes, Costa Rica. Emerg Infect Dis, 29(12):2566-2569. Doi: 10.3201/eid2912.230774.

 Rojas-Sánchez, E.; Jiménez-Soto, M.; Barquero-Calvo, E.; Duarte-Martínez, F.; Mollenkopf, D.F.; Wittum, T.E.; Muñoz-Vargas, L. 2023. Prevalence Estimation, Antimicrobial Susceptibility, and Serotyping of Salmonella enterica Recovered from New World Non-Human Primates (Platyrrhini), Feed, and Environmental Surfaces from Wildlife Centers in Costa Rica. Antibiotics, 12, 844. https://doi.org/10.3390/antibiotics12050844

Molina-Mora JA, Reales-González J, Camacho E, Duarte-Martínez F, Tsukayama P, Soto-Garita C, Brenes H, Cordero-Laurent E, Ribeiro dos Santos A, Guedes Salgado C, Santos Silva C, Santana de Souza J, Nunes G, Negri T, Vidal A, Oliveira R, Oliveira G, Muñoz-Medina JE, Salas-Lais AG, Mireles-Rivera G, Sosa E, Turjanski A, Monzani MC, Carobene MG, Remes Lenicov F, Schottlender G, Fernández Do Porto DA, Kreuze JF, Sacristán L, Guevara-Suárez M, Cristancho M, Campos-Sánchez R and Herrera-Estrella A. 2023. Overview of the SARS-CoV-2 genotypes circulating in Latin America during 2021.Front. Public Health, 11:1095202. Doi: 10.3389/fpubh.2023.1095202

Molina-Mora, J.A., Cordero-Laurent, E., Calderón-Osorno, M. Chacón‑Ramírez, E., & Duarte‑Martínez, F. 2022. Metagenomic pipeline for identifying co-infections among distinct SARS-CoV-2 variants of concern: study cases from Alpha to Omicron. Sci Rep, 12, 9377. https://doi.org/10.1038/s41598-022-13113-4

Molina‑Mora, J.A., González, A., · Jiménez‑Morgan, S.  · Cordero‑Laurent, E.,  Brenes, H, · Soto‑Garita, E., Sequeira‑Soto, J. and Duarte‑Martínez, F. 2022. Clinical Profiles at the Time of Diagnosis of SARS-CoV-2 Infection in Costa Rica During the Pre-vaccination Period Using a Machine Learning Approach. Phenomics. https://doi.org/10.1007/s43657-022-00058-x

Brenes-Porras E., Duarte-Martínez F. y Sequeira-Soto J. 2021. Vigilancia epidemiológica de la COVID-19 basada en ensayos de laboratorio del Inciensa. En Zamora-Zamora C. ed. La Caja y la Pandemia por COVID-19. Experiencias durante la crisis 2020, Editorial Nacional de Salud y Seguridad Social (EDNASSS), Cap 18, pp. 169-176. https://www.binasss.sa.cr/covid2021.pdf

Pérez-Sepúlveda, B.M., Heavens, D., Pulford, C.V. et al. 2021. An accessible, efficient and global approach for the large-scale sequencing of bacterial genomes. Genome Biol, 22, 349. https://doi.org/10.1186/s13059-021-02536-3

Lazo-Láscarez, S., Zumabado Gutiérrez, L., Duarte-Martínez, F., Romero Zúñiga. J.J., Arias Echandi, M.L., and Muñoz-Vargas, L. 2021. Antimicrobial Resistance and Genetic Diversity of Campylobacter spp. Isolated from Broiler Chicken at Three Levels of the Poultry Production Chain in Costa Rica. Journal of Food Protection, 84 (12): 2143–2150. https://doi.org/10.4315/JFP-21-111

Molina-Mora JA, Cordero-Laurent E, Godínez A, Calderón-Osorno M, Brenes H, Soto-Garita C, Pérez-Corrales C; COINGESA-CR Consorcio Interinstitucional de Estudios Genómicos del SARS-CoV-2 Costa Rica; Drexler JF, Moreira-Soto A, Corrales-Aguilar E, Duarte-Martínez F. 2021. SARS-CoV-2 genomic surveillance in Costa Rica: Evidence of a divergent population and an increased detection of a spike T1117I mutation. Infect Genet Evol, Aug;92:104872. doi: 10.1016/j.meegid.2021.104872.

Rodríguez-González MJ, Jiménez-Pearson MA, Duarte F, Poklepovich T, Campos J, Araya-Sánchez LN, Chirino-Trejo M, Barquero-Calvo E. 2020. Multidrug-Resistant CTX-M and CMY-2 Producing Escherichia coli Isolated from Healthy Household Dogs from the Great Metropolitan Area, Costa Rica. Microb Drug Resist, 26(11):1421-1428. doi: 10.1089/mdr.2020.0146.

Castellanos, L. R., Bloois, L. V., Donado-Godoy, P., Veldman, K., Duarte, F., Acuña, M. T., . . . Zomer, A. L. 2020. Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica Serovar Paratyphi B Variant Java in Poultry from Europe and Latin America. Emerging Infectious Diseases, 26(6), 1164-1173. Doi:10.3201/eid2606.191121

Brengi, S. P., Sun, Q., Bolaños, H., Duarte, F., Jenkins, C., Pichel, M., . . . Xu, J. 2019. PCR-Based Method for Shigella flexneri Serotyping: International Multicenter Validation. Journal of Clinical Microbiology, 57(4). Doi:10.1128/jcm.01592-18

Torres-Mejía AM, Blanco-Peña K, Rodríguez C, Duarte F, Jiménez-Soto M, Esperón F. 2018. Zoonotic Agents in Feral Pigeons (Columba livia) from Costa Rica: Possible Improvements to Diminish Contagion Risks. Vector Borne Zoonotic Dis. 18(1):49-54. Doi: 10.1089/vbz.2017.2131.

Baker, K., Campos, J., Pichel, M., Gaspera, A. D., Duarte-Martínez, F., Campos-Chacón, E., . . . Thomson, N. 2017. Whole genome sequencing of Shigella sonnei through PulseNet Latin America and Caribbean: Advancing global surveillance of foodborne illnesses. Clinical Microbiology and Infection, 23(11), 845-853. Doi:10.1016/j.cmi.2017.03.021

Campos, J., Pichel, M., Vaz, T., Tavechio, A., Fernandes, S., Muñoz, N., . . . Gutiérrez, E. P. 2012. Building PulseNet Latin America and Caribbean Salmonella regional database: First conclusions of genetic subtypes of S. Typhi, S. Typhimurium and S. Enteritidis circulating in six countries of the region. Food Research International, 45(2), 1030-1036. Doi:10.1016/j.foodres.2011.10.020.

Duarte-Martínez, F., Sánchez-Salazar, L. M., Acuña-Calvo, M. T., Bolaños-Acuña, H. M., Dittel-Dittel, I., & Campos-Chacón, E. 2010. SALMATcor: Microagglutination for Salmonella Flagella Serotyping. Foodborne Pathogens and Disease, 7(8), 907-911. Doi:10.1089/fpd.2009.0492

Bolaños-Acuña, H., Acuña-Calvo, M.T., Duarte-Martínez, F., Salazar-Castro, W. Oropeza-Barrios, G., Sánchez-Salazar, L.M., Campos-Chacón, E. 2007. Brotes de diarrea e intoxicaciones transmitidas por alimentos en Costa Rica, 2005. Acta Médica Costarricense. ISSN 0001-6002/2007/49/4/205-209

Cursos impartidos

Genomics and Epidemiological Surveillance of Bacterial Pathogens – Latin America & the Caribbean. Wellcome Connecting Science, UCR, UNA, Inciensa. Whole genome sequencing laboratory and data analysis training using bionumerics. Inciensa, CDC. Microbiología de alimentos. UCIMED. Bioquímica. UACA.

Reconocimientos

Reconocimiento al aporte, esfuerzo y compromiso que hizo diferencia en la respuesta a la emergencia por COVID-19. Presidencia de la República. Carlos Alvarado Quesada. 6 de marzo de 2022.

PulseNet Especial Recognition Award, otorgado por Enteric Diseases Laboratory Branch (EDLB) of the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and the Association of Public Health Laboratories (APHL), USA. 2017.