La vigilancia genómica surge en el año 2020 en el contexto de la pandemia por el virus SARS-Cov-2, ante la necesidad de monitorear la variabilidad genética del virus debido a los posibles riesgos de evasión de la respuesta inmune por parte del virus y la posible afectación a los programas de vacunación.
En la actualidad, la vigilancia genómica se ha extendido a otros virus y bacterias de importancia para la salud pública, permitiendo identificar variantes y mutaciones, cambios en la virulencia y resistencia a los medicamentos, entre otros.