La vigilancia epidemiológica especializada es la vigilancia de un problema particular de salud que ha sido considerado de prioridad nacional o internacional y que requiere de personal especializado para su ejecución. Puede utilizar elementos de la vigilancia activa o pasiva y está orientada a la detección, acción y prevención. En el Inciensa este tipo de vigilancia se realiza tanto en la Unidad de Enfermedades Congénitas como en la Unidad de Salud Oral.