El Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (INCIENSA) comenzó sus labores en julio de 1963, bajo el nombre de Centro Regional de Recuperación Nutricional, y seis años después, en diciembre de 1969, se transformó en la Clínica Nacional de Nutrición, con el fin de contribuir en la recuperación de la población infantil desnutrida del país. Con esa misión se mantuvo hasta el 7 octubre de 1977; a partir de entonces se le dió el carácter de entidad adscrita al Despacho de la Ministra(o) de Salud y la función de realizar programas nacionales de investigación y enseñanza en el campo de la salud y la nutrición, en concordancia con los planes y proyectos de la Política Nacional de Nutrición y Salud.

En febrero de 1998, a la luz de los cambios acontecidos en la situación de la salud del país, y como parte de la reforma del sector salud, el INCIENSA adquirió la responsabilidad de dirigir, conducir y ejecutar investigaciones en materia de salud y participar en los procesos de vigilancia epidemiológica y enseñanza, en concordancia con las prioridades del país. Las acciones institucionales se encaminaron entonces hacia la búsqueda del liderazgo en investigación científica y vigilancia epidemiológica basada en laboratorios, para prevenir y controlar las enfermedades emergentes y remergentes así como enfermedades crónicas, que amenazan la salud de la población.

En mayo del 2002, el INCIENSA fue reconocido como la institución responsable de la vigilancia epidemiológica basada en laboratorios, de las investigaciones prioritarias en salud pública y de los procesos de enseñanza en salud derivados de su quehacer.