Los centros nacionales de referencia (CNR) del INCIENSA son una pieza fundamental del Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública, pues son responsables de coordinar los sistemas de vigilancia epidemiológica basados en el laboratorio, implementar programas de aseguramiento de la calidad del laboratorio para el diagnóstico de enfermedades prioritarias, realizar investigaciones en salud y capacitar recurso humano.

El enlace de los CNR con la red de servicios del país para el envío y recepción de muestras, medios, materiales y documentación está a cargo de la Unidad de Servicio al Cliente (USEC).

Procesos ene los que participan los CNR's:

• Análisis de laboratorio
• Aseguramiento de la calidad
• Enseñanza
• Investigación
• Vigilancia epidemiológica

Los centros nacionales de referencia (CNR) del INCIENSA son:

• Bacteriología
• Leptospirosis
• Micronutrientes
• Parasitología
• Química Clínica
• Salud Oral
• Tuberculosis
• Virología
• Centro de Registro de Enfermedades Congénitas